労働ロボットとしてサイバトロン星の地下都市で働く若い二人組ロボットは、
正義のオートボットをまとめる最強のヒーロー“オプティマスプライム”になる前のオライオンパックスと、
破壊の限りを尽くす最悪の宿敵“メガトロン”になる前の“Ｄ-１６”。
「トランスフォームも出来ないくせに」と上官からバカにされる二人は、トランスフォーマーに必要な変形能力をまだ持っていない。
不完全な二人は、お互いをかばい合い、気の合った掛け合いと、友情のグータッチを交わし、共に働いていた。

ある日、謎のＳＯＳメッセージを受けた二人は、バンブルビー（B-127）、エリータ-1の力を借り、ＳＯＳの座標へと向かう。
四人は、謎めいたアルファトライオンの力により、トランスフォーム（変形）能力を手に入れるのだった。
新たに手に入れた力を使い、迫りくる危機に立ち向かおうとするオプティマスとメガトロンだったが、二人の正義感には少しずつ隔たりが生まれつつあった。
トランスフォーマーの母星サイバトロン星の運命を左右する大規模な戦闘が始まる中、
固い友情で結ばれた親友同士の関係性が、新しい力に目覚めたことで微妙に変化していく。。。